——藥品集中托管后，對醫(yī)療機構(gòu)驗收藥品的時間提出了具體要求，強化了對買賣雙方合法權(quán)益的保護。中心的貨款結(jié)付管理辦法進一步明確：對外債權(quán)債務(wù)的成立，以完成物權(quán)轉(zhuǎn)移（即實物驗收入庫）為據(jù)；對內(nèi)列支購藥費用，以完成藥品采購票據(jù)審批為據(jù)。此外，通過事前約定適用于不同付款期限的結(jié)算時間調(diào)節(jié)系數(shù)，為提高醫(yī)療機構(gòu)資金流轉(zhuǎn)效益探索實現(xiàn)途徑；

　　——藥品集中托管后，在藥品的實際交易中，由醫(yī)療機構(gòu)提出采購計劃，由供貨人確認可供藥量，由中心簽發(fā)采購訂單。通過第三方參與事前監(jiān)管，減少封閉式采購可能帶來的缺憾。為避免因增加外部審定環(huán)節(jié)，可能給即時供應(yīng)帶來負面影響，藥品網(wǎng)上集中采購交易系統(tǒng)，為醫(yī)療機構(gòu)的臨時用藥設(shè)置了綠色通道；

　　——集中托管藥品的臨時最高零售價格，以供貨價為作價基礎(chǔ)，以政府規(guī)定的加價率為進銷差價率。這個價格由中心統(tǒng)一測算報物價局備案，相關(guān)醫(yī)療機構(gòu)執(zhí)行。

　　統(tǒng)一結(jié)付，利益關(guān)系得到有效調(diào)整

　　為了讓藥品集中托管后醫(yī)院方、企業(yè)方等利益得到保障，托管中心結(jié)算組專司統(tǒng)一結(jié)付工作。醫(yī)療機構(gòu)購藥貨款的結(jié)算和資金清付工作，全部利用電子銀行結(jié)算系統(tǒng)運作，盡可能減少人為因素干擾，調(diào)整購銷雙方利益關(guān)系。

　　藥品集中采購的當事各方，都在指定商業(yè)銀行開設(shè)專用賬戶，用于藥品交易貨款結(jié)算；醫(yī)療機構(gòu)的所有購藥貨款和因交易條件變化調(diào)整結(jié)付額的兌現(xiàn)，都通過中心進行統(tǒng)一結(jié)算和清付。醫(yī)療機構(gòu)與配送企業(yè)之間不直接發(fā)生資金結(jié)算關(guān)系；買賣雙方藥品交易貨款的結(jié)算依據(jù)，將從以紙質(zhì)交易憑證為主，向以電子商務(wù)憑證為主過渡，以提高資金流轉(zhuǎn)速度，減少財務(wù)費用。為保證結(jié)算安全，藥品交易中關(guān)鍵環(huán)節(jié)的操作，經(jīng)辦人必須進行電子簽名，啟用第三方認證；所有與藥品采購相關(guān)款項的結(jié)算和清付，全部利用藥品集中托管電子商務(wù)結(jié)算系統(tǒng)，按程序規(guī)范運作進行。另外，通過銀行融資授信，開展信用結(jié)算，解決醫(yī)療機構(gòu)短期資金不足，落實誠信交易。

　　南京市藥品托管中心與銀行共同研發(fā)與構(gòu)建了《南京市三級醫(yī)療機構(gòu)藥品網(wǎng)上采購結(jié)算支付系統(tǒng)》工作平臺，為9家三級醫(yī)療機構(gòu)、45家配送企業(yè)、托管中心結(jié)算組進行日常資金結(jié)算工作提供操作、管理服務(wù)。2008年7月31日開展網(wǎng)上結(jié)算以來，在相關(guān)合作銀行積極給予貸款的支持下，在市衛(wèi)生局的嚴格監(jiān)督下，各醫(yī)療機構(gòu)均按時履約付款。截至2008年12月31日，市屬各三級醫(yī)療機構(gòu)藥品網(wǎng)上集中采購金額已達4.08億元，藥劑科入庫確認3.86億元、按期支付藥款1.93億元，醫(yī)療機構(gòu)和企業(yè)普遍反映良好。南京9家三級醫(yī)療機構(gòu)實行藥房托管后藥價明顯下降——其中一家合資企業(yè)生產(chǎn)的一種藥比其他大醫(yī)院竟便宜了386元。